城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰)、拉斐尔(阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰)、多纳泰罗(杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍 Noel Fisher 饰)与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯 Megan Fox 饰)、韦恩·芬威克(威尔·阿奈特 Will Arnett 饰)，及面具义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰)并肩作战打击恶徒。在史莱德(布莱恩·泰 Brian Tee 饰)逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼(泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰)及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。